Il convient, lorsque l'on parle de « Science » sur un plan général, de bien distinguer au préalable la Science sacrée de la Science profane, faute de quoi de nombreuses confusions sont susceptibles de surgir au sein de l'analyse, conduisant ainsi aux plus graves contresens.

Ainsi, concernant la Science, existent « deux conceptions radicalement différentes et mêmes incompatibles entre elles, écrit René Guénon, que nous pouvons appeler la conception traditionnelle et la conception moderne ». La Science traditionnelle ou Science sacrée, est une Science qui est profondément rattachée au Principe, et qui ne s'envisage pas en tant que telle sans la conscience de ce rattachement, qui n'imagine pas pouvoir se pencher sur l'étude d'un domaine particulier sans maintenir de façon constante le lien avec la Source première et originelle dont tout dépend. Cette attitude définit d'ailleurs toutes les sciences traditionnelles, physique, astronomie, chimie, etc., qui, loin de nier la réalité des phénomènes, les regardent comme des formes dépendantes, des éléments relevant d'une Cause transcendante, relatifs à un Être premier dont ils sont redevables de leur propre nature, de leur être spécifique.

À la différence, la Science profane ou moderne, prétend être totalement indépendante et veut poser ses jugements en absence de toute référence extérieure à elle-même. Cette prétention extraordinaire s'exerce par une négation de tout ce qui dépasse le niveau purement matériel « en le déclarant « inconnaissable » et en refusant d'en tenir compte, ce qui revient encore à le nier pratiquement; cette négation, précise Guénon, existait en fait bien longtemps avant qu'on ait songé à l'ériger en théorie systématique sous des noms tels que ceux de « positivisme » et « d'agnosticisme », car on peut dire qu'elle est véritablement au point de départ de toute la science moderne ». Le problème vient du fait qu'à présent les prétendus hommes de « science », dans leurs recherches, se font une gloire de cette « inconnaissance », de cet aveuglement volontaire, et vont jusqu'à l'ériger en dogme hors duquel il ne saurait y avoir de « Science » authentique, ce qui est, on en conviendra sans peine, un paradoxe extraordinaire pour des êtres qui aspirent au « savoir ». Le résultat de ce comportement est une fracture, une séparation entre l'ordre naturel et l'ordre surnaturel un aveuglement concernant la hiérarchie et la complémentarité des ordres. La Science moderne est donc devenue une « science folle » coupée de son lien au Principe elle s'enferme « exclusivement dans le monde du changement, et n'y trouve plus rien de stable, aucun point fixe où elle puisse s'appuyer ; ne partant plus d'aucune certitude absolue, elle en est réduite à des probabilités et à des approximations, ou à des constructions purement hypothétiques qui ne sont que l'oeuvre de la fantaisie individuelle ». Cette « pseudo-science » dénuée de toute conscience, est en train de faire courir des risques importants aux hommes actuels, car cette forme incontrôlée et incontrôlable capable des expériences les plus insensées, ne possède plus aucun repère, plus aucun axe. En état d'errance et d'égarement, considérant le monde comme une simple chose, une matière « commissible », inerte, sans origine, la Science profane est devenue une sorte de machine de guerre particulièrement redoutable, en rupture avec l'ordre cosmologique. On se rend compte, encore une fois, combien est grave de conséquences multiples le triomphe d'une pensée, d'une vision du monde, refusant son lien avec la tradition métaphysique, sourde à l'intuition intellectuelle seule capable d'incorporer l'esprit de curiosité naturelle et les recherches entreprises par l'homme dans le domaine des sciences traditionnelles, domaine qui n'est autre que celui de la Science sacrée, seule et unique « Science » digne de ce nom car en accord avec la « doctrine pure ».

Comme le rappelle Guénon, le point de vue « profane », ne s'oppose pas au point de vue « sacré », car il n'existe pas de domaine profane, « il existe seulement un « point de vue  profane », qui n'est proprement rien d'autre que le point de vue de l'ignorance », qui n'est rien d'autre que le nom véritable de la science moderne, « savoir ignorant » d'ordre inférieur, se situant volontairement au niveau le plus bas de la réalité, « savoir ignorant de tout ce qui le dépasse, ignorant de toute fin supérieure à lui-même », savoir vain et illusoire qui n'est qu'un savoir vide, « qui ne vient de rien et ne conduit à rien », si ce n'est à la plus épaisse obscurité. (La Crise du monde moderne, ch. IV, « Science sacrée et science profane ».