Jusqu'au XVIIè s., la métaphysique a sa place, y compris dans les sciences. Mais peu à peu, la science va se poser de façon autonome, en s'opposant à la métaphysique.

La science va de plus en plus utiliser le langage mathématique, et se référer aux seuls faits. Plus qu'une distinction, c'est un conflit déclaré.

Dès lors la science se revendique de la certitude mathématique, tandis que la métaphysique est écartée car discutant indéfiniment sans jamais convaincre ses adversaires.

Les philosophes passés ont fait de la métaphysique car ils estiment que la raison humaine peut connaître la réalité absolue. Pour eux, c'est l'expérience sensible qui est mensongère, et la raison peut et doit dépasser les apparences pour découvrir l'être, tel qu'il est en soi.

Platon par exemple accepte les critiques sceptiques en ce qui concerne la connaissance sensible. Tout ce qui se trouve dans le sensible est évidemment relatif et subjectif. Mais c'est précisément parce que ce monde n'est qu'un tissu d'illusion, un jeu d'apparence, qu'il faut pour Platon en dépasser le donné instable. Le vrai monde est le monde des idées, que l'oeil de l'âme aperçoit au-delà du sensible. Il faut pour cela chercher à définir les concepts abstraits et généraux. Pour lui, les concepts de notre esprit ne sont que le reflet d'Idées éternelles existant en soi. Avant de tomber dans la prison du corps, l'esprit les contemplait. Le monde des idées est la vraie patrie de l'esprit - mathématicien ou philosophe - qui se sent fait pour elles.

Pour Descartes, les idées innées ont été déposées en notre esprit, par Dieu même. Et c'est lui qui est garant de leur valeur comme "semence de vérité", que tout le processus de connaissance ne fait que développer. Dans ce système, lorsque je pense, c'est Dieu qui pense en moi. L'ordre et la connexion des idées sont les mêmes que l'ordre et la connexion des choses, puisque Dieu les a créées dans son entendement.

Kant inverse l'ordre des valeurs entre science et métaphysique. Il va dire que c'est la science qui est, ou doit être fondée sur la raison, et non la métaphysique, qui elle n'est au contraire qu'un rêve, une apparence. Même si le donné est divers, la science peut justement comprendre le réel, par la raison. Nous possédons en nous les catégories a priori qui en permettent le classement sûr. On sait par exemple que la même cause produit toujours le même effet. L'esprit peut avoir confiance dans l'ordre des lois de la nature puisque c'est lui-même qui les introduit grâce à ses catégories.

De plus ces catégories et lois de la raison ne peuvent s'appliquer que sur le donné sensible, que l'esprit peut relier pour déterminer les lois. Le sensible est alors donné dans le phénomène.

Les noumènes n'étant pas donnés, c'est inventer que de leur trouver une cause et une logique. On ne peut trouver la cause du monde parce que nous n'en faisons pas l'expérience sensible. Les intuitions a priori (propre de la métaphysique), n'existent pas.

Les méta-physiciens croient que le monde sensible est un obstacle à l'usage de la raison, mais c'est le contraire qui est vrai : seul le sensible donne de la matière à l'usage de l'esprit. En dehors du sensible, l'esprit ne saurait atteindre aucune connaissance. La raison est même comme folle en dehors des repères du sensible, de l'expérience. Elle peut tout démontrer et son contraire. Par exemple : il y a un commencement au monde, mais avant cela, qu'y avait-il ? Un autre commencement. C'est une antinomie de la raison pure, qui en démontre le caractère absurde.

En ce qui concerne le sujet Dieu, il ne peut plus être un objet de science métaphysique. Il reste donc la foi et la grâce de croire.

En cela Kant est un bon protestant.

L'espace et le temps sont les cadres subjectifs qui nous masquent à jamais le fond des choses.

Pour Marx, on ne peut saisir de vérités éternelles métaphysiques, parce que tout est soumis au devenir, tout est changeant. Les métaphysiciens n'ont fait que transposer dans le ciel des idées, les conditions sociales, économiques et hiérarchiques de leur époque.

Mais toutes ces attaques contre la métaphysique n'en sont pas venues à bout. Après Kant, d'autres systèmes se sont développés : Fichte, Schelling, Hegel, Bergson, Heidegger...

Si leur diversité souligne l'incertitude en tant que connaissance, leur persistance témoigne de la vitalité des préoccupations métaphysiques.

Ce qui est sûr, c'est que la science ne peut tenir lieu de métaphysique. Elle ne répond aucunement aux besoins que la métaphysique veut satisfaire. Elle est toujours opératoire et consiste en règles permettant de manipuler des symboles.

"La science, telle qu'on la pratique de nos jours, est un essai de créer pour tous les phénomènes un langage chiffré commun qui permette de calculer, donc de dominer plus aisément la nature. Mais ce langage chiffré qui résume toutes les lois observées n'explique rien.

Les grandes questions continuent à se poser, bien qu'elles ne puissent pas être formulées par le langage scientifique.

La question de l'Être en est une. La science n'est pas une connaissance de la réalité profonde, de l'être intime des choses. Ce n'est qu'un formulaire pour manipuler des objets.

Qu'est-ce qu'un objet ? C'est ce qui est placé devant moi, que je puis analyser et transformer : ob-jet = pro-blêma = A résoudre. C'est possible justement quand la chose est devant nous, placée à l'extérieur de nous-mêmes.

Mais il est des questions qui ne sont pas problématisables.

La faute morale par exemple n'est pas hors de nous, mais en nous. Elle relève d'un certain mystère. La rendre pro-blématique, c'est la relativiser et dénier la liberté de l'acte. C'est ex-cuser. L'Etre relève d'un tel mystère. La science peut toujours expliquer comment se produisent les choses, mais ne peut répondre à la question essentielle : Pourquoi y-a-t-il quelque chose plutôt que rien ? C'est la question ontologique.