Dans l'histoire de la maladie du ver à soie, Pasteur soutient la thèse constitutionnelle. Les vers sont malades parce qu'ils ont une constitution faible. Il balaie d'un revers de manche la thèse de Béchamp : la maladie est d'origine parasitaire. C'est Béchamp qui aura raison. La théorie de Béchamp sera prouvée. Il prouve que la maladie vient de l'extérieur, que le corpuscule vibrant qui en est l'origine a une existence propre et indépendante, qu'il est imputrescible au milieu de matériaux putréfiés.
Le 29 Mai 1867 Pasteur écrit à Dumas qu'il refuse toujours la nature parasitaire de la pébrine (maladie du ver à soie), il réfute les thèses de Béchamp. Plus tard il s'en arrogera pourtant la paternité, en écrivant partout qu'il a été le premier a en montrer l'origine parasitaire.
Béchamp avait trouvé un traitement, mais il ne fut pas utilisé.
En 1867, Pasteur publie un ouvrage sur les vers à soie qu'il dédie à S. M. l'Impératrice Eugénie, en occultant les travaux de Béchamp. Il s'y positionne en sauveur de la sériculture, bien qu'il ne soit pas le découvreur de l'agent étiologique de la maladie du ver à soie, ni d'un traitement curatif ou préventif.
Bien qu'il traita de folles les personnes qui soutenaient la cause parasitaire de la pébrine, 10 ans plus tard, il s'attribua l'honneur d'avoir découvert la cause parasitaire de la maladie. Il obtint de nombreuses récompenses financières pour des découvertes faites par Béchamp et Estor.
En Aout 1891, Pasteur et Béchamp se trouvèrent à Londres pour un congrès médical. Devant les participants et les journalistes, Pasteur attaqua Béchamp qu'il accusa de croire aux "générations spontanées", ce qui était faux. Béchamp avait toujours soutenu le caractère parasitaire de la pébrine contre Pasteur qui pensait que les corpuscules naissaient spontanément dans les vers à soie. Béchamp parla devant l'assemblée des scientifiques mais Pasteur, lui, avait quitté la salle. Pour répondre à Pasteur, Béchamp publia un livre : Les microzemas.
L'historique précis des comptes-rendus de l'Académie des Sciences ont fait conclure plusieurs auteurs qu'il y avait là falsification de l'histoire médicale et plagiat de la découverte de l'agent étiologique des maladies des vers à soie.
"Béchamp avait raison, le microbe n'est rien, le terrain est tout." C'est ce qu'aurait dit Pasteur durant les derniers jours de sa vie. Il aurait même ajouté : "C'est Claude (Bernard) qui a raison".
L'étude des correspondances des deux chercheurs avère que Béchamp avait raison avant Pasteur, quoi que constamment attaqué par celui-ci.