Tresmontant fait remarquer qu'il existe deux processus irréversibles dans l'univers. Un processus de complexification et un autre d'organisation, croissant en information, s'appliquant à des états et/ou des structures.
C'est ce double mouvement qui pose un problème à l'athéisme philosophique.
Le devenir est la difficulté de l'athéisme.
Si l'athéisme est vrai : tout est matière, il ne devrait pas y avoir de "tendance a". Car la tendance implique un but abstrait, un principe de finalité. Quand bien même cette finalité serait la mort.
Pour résoudre cette difficulté, certains ont proposé que l'Univers soit régi par des cycles. Des mouvements circulaires lents, procédant les uns à partir des autres, par des contacts entre eux. Au bout d'un temps, il y a un retour naturel au point de départ.
Mais l'expérience ne le montre pas. D'autre part, l'existence de cycles ne prouve pas, par influence directe, que l'athéisme soit vrai pour autant.
Pour Nietzsche, si le monde était finalisé, il aurait déjà atteint cette fin depuis une éternité. Et s'il devait se terminer de façon préméditée, cela serait également déjà fait. Selon Tresmontant, ce raisonnement ne tient que si on suppose le monde éternel. S'il est temporel, cela ne tient plus. Nietzsche n'accepte pas l'idée "judéo-chrétienne" de commencement. Il rejette donc l'idée de fin.
L'athéisme matérialiste ne peut véritablement pas penser l'évolution créatrice, l'accroissement de l'information dans les systèmes, les structures – accroissement qui leur permet d'évoluer en qualité. Exemple : l'œil. La matière ne peut, d'elle-même, s'auto-informer sans un agent informateur venant d'ailleurs et transcendant la forme elle-même. C'est l'autre. Ceci est vrai de tout système physique, biologique ou intellectuel (Ex : enfant sauvage qui n'est rien sans la société).
Il faut donc un inséminateur qui est ce qu'on appelle philosophiquement l'Esprit. Il imprègne les structures mais est aussi flux d'influence venu des superstructures imprégnantes, et ainsi de suite. On aboutit à un système de systèmes, qu'on appelle l'Univers.
C'est pourquoi le christianisme, qui a par-dessus tout lancé cette idée d'un Esprit global (monothéiste) imprégnant et agissant dans tout l'univers, est "révolutionnaire", au sens de progressiste s'il s'adapte aux règles et donc s'applique à connaitre l'Esprit de Dieu.
L'athéisme aura à l'inverse une tendance logique a fixer les choses (car son modèle est mécaniste) et contrecarrer les libertés. Son "progrès", son "utopie", une fois atteints, deviennent un enfer et (souvent) un monde de cauchemar.
Si cet athéisme semble aujourd'hui vaincre, c'est qu'il n'a pas trouvé face à lui une intelligence conforme aux exigences divines de la pensée (qui elle participe du monde de l'Esprit, mais en l'homme). Les religions, et l'Eglise, qui a combattu la pensée libre, en toute son histoire, est l'entière responsable de cela. Celle-ci a toujours été fixiste, conservatrice, bref : matérialiste, comme les athées. On pourrait dire que les utopistes ne cherchent qu'à supplanter l'Eglise fixiste, ayant (trop) régné durant les siècles passés.